Po powstaniu styczniowym, od 27 listopada 1864, kiedy to car Aleksander II Romanow dokonał kasaty klasztorów paulińskich, pozostawiając dwa na Jasnej Górze i Skałce w Krakowie – przeora prepozyta mianował biskup diecezjalny, na zlecenie rosyjskiego generała-gubernatora. Natomiast po odzyskaniu przez Polskę niepodległości (1918) i organizacji na nowo struktur zakonu, powrócono do praktyki mianowania przeora przez generała, po konsultacji z zakonnikami klasztoru.
Pierwotnie w konstytucjach zakonnych nie określono ściśle długości kadencji przeora i możliwości ponownego wyboru (niektórzy pełnili funkcję przeora przez cztery kadencje z rzędu). Kadencje przeorów prepozytów trwały do ich śmierci lub odwołania z różnych powodów. Po soborze watykańskim II ustalono w konstytucjach, że przeor może być wybrany na trzy lata.