Zadebiutował w 1997 filmem Perfect Blue, kryminalnym psychothrillerem przypominającym twórczość Alfreda Hitchcocka i Philipa K. Dicka. Następnymi jego filmami były Millennium Actress (2001) i Rodzice chrzestni z Tokio (2003). W 2004 stworzył serial telewizyjny Paranoia Agent, badający ludzką psychikę i archetypy zakorzenione we współczesnej japońskiej popkulturze, jak również problematykę tożsamości osobowej i kulturowej. Serial jest mocnym komentarzem społecznym odnośnie do japońskiej kultury powojennej. W 2006 ukończył prace nad kolejnym pełnometrażowym filmem, Papriką. Jego premiera odbyła się na Festiwalu Filmowym w Wenecji, gdzie otrzymał pięciominutową owację na stojąco.

W filmach Kona często zacierają się granice między jawą a światem nierzeczywistym, do momentu, w którym trudno jest rozróżnić, co w filmie dzieje się naprawdę, a co w psychice bądź snach bohaterów. Poruszają one też tematykę rzadko spotykaną w anime, np. Rodzice chrzestni z Tokio opowiadają historię trójki tokijskich bezdomnych. Tematyka ta nie jest poruszana także w japońskich filmach aktorskich. W środkach wyrazu stosowanych przez Kona zauważyć można wiele podobieństw do ogłoszonego przez Takashiego Murakamiego manifestu superflat.