Deklarowane warunki dostępności portu nie są jednak w praktyce utrzymywane ze względu na bardzo dynamiczne zmiany dna. Port w Mrzeżynie ma niepoprawny układ falochronów i mimo szerokiego wejścia do portu (82 metry), po przeprowadzonej pod koniec lat 60. generalnej przebudowie i modernizacji portu, wpłynięcie do portu zwykle możliwe jest jedynie przy falochronie zachodnim, co jest spowodowane tworzeniem się mielizny. Dno portu narażone jest przez to na bardzo dynamiczne zmianyStudium uwarunkowań i kierunków zagospodarowania przestrzennego Gminy Trzebiatów – 9.2 Komunikacja morska (str. 118).
Podmiotem zarządzającym portem jest jednostka budżetowa gminy Trzebiatów – Zarząd Portu Morskiego Mrzeżyno. Zajmuje się on modernizacją, utrzymywaniem infrastruktury okołoportowej oraz promocją portu.
W porcie prowadzony jest monitoring przy pomocy 16 kamer.
Historia thumb|230px|Przedwojenna pocztówka przedstawiająca ujście portu w Mrzeżynie thumb|230px|Promenada portowa w 1963