Latem 1939 Zahorski wybrany został w skład Rady Naczelnej Polskiego Związku Szachowego. Po wybuchu wojny włączył się do okupacyjnego życia szachowego Warszawy, uczestnicząc w towarzyskich rozgrywkach w kawiarniach Kwiecińskiego i Leżeńskiego. W 1940 w kawiarni Kwiecińskiego gestapo dokonało aresztowania warszawskich szachistów, którym zezwolono później na rozegranie w areszcie turnieju; był wśród zatrzymanych Zahorski. W odróżnieniu od graczy o korzeniach żydowskich (m.in. Dawid Przepiórka, Mojżesz Łowcki, Stanisław Kohn, Achilles Frydman), którzy niebawem ponieśli śmierć z rąk Niemców, Zahorski został zwolniony z więzienia po około tygodniu. Nie zaprzestał aktywności szachowej, uczestniczył w serii turniejów rozegranych w Warszawie w latach 1942-1944, nazywanych nieoficjalnymi mistrzostwami miasta (na potrzeby jednego z turniejów udostępnił swoje mieszkanie). W pierwszym takim turnieju, rozegranym na przełomie 1942 i 1943, Zahorskiemu przypadła III lokata, a zwyciężył Andrzej Pytlakowski. W latach okupacyjnych najwięcej grywał z Zygmuntem Szulce, jego przeciwnikami byli też m.in. Tadeusz Gniot, Jan Gadaliński, Henryk Rewkiewicz, Jerzy Jagielski.