Apikompleksy według systematyki Cavalier-Smitha dzielą się na 2 podtypy, które z kolei dzielą się naThomas Cavalier-Smith and E. E. Chao, Protalveolate phylogeny and systematics and the origins of Sporozoa and dinoflagellates (phylum Myzozoa nom. nov.), Europ. J. Protistol., 2004, 40, s. 185-212Thomas Cavalier-Smith, Protist phylogeny and the high-level classification of Protozoa, Europ. J. Protistol., 2003, 39, s.338-348:
Podtyp: Apicomonada Gromada: Apicomonadea Podtyp: Gamontozoa Infratyp: Sporozoa Gromada: Aconoidasida Gromada: Coccidea Gromada: Gregarinea Infratyp: Hematozoa Gromada: Hematozoa Gromada: Piroplasmea
Struktura wewnętrzna left|thumb|300px|Struktura apikompleksowa A. Kompleks apikalny 1. Przedni pierścień polarny 2. Intro-konoid Mikrotubula 3. Konoid 4. Pierścień biegunowy tylny 5. Kompleks błony wewnętrznej 6. Mikrotubule podbłonkowe 7. Rhoptries, zatrzymują enzymy uwolnione po wniknięciu do żywiciela. 8. Micronemes, ważne dla ruch ślizgowy 9. Mitochondrium 10. Mikropory 11. Gęste granulki 12. Apikoplast, plastyd fotosyntetyczny 13. Aparat Golgiego 14. Jądro komórkowe 15. Siateczka śródplazmatyczna
Przypisy