Prześladowania Wielu pastorów i wiernych kościołów protestanckich stało się ofiarami prześladowań ze strony reżimu komunistycznego. Wobec protestantów stosowano zarówno więzienie, jak i egzekucje. Lider Kościoła Adwentystów Dnia Siódmego w Związku Radzieckim – Władimir Szelkow – większość swego życia (od 1931 do 1980 r.) był więziony za wiarę. Przewodził on wolnym od wpływów i nacisków władz zborom adwentystycznym. Zginął w obozie w Jakucji. Prześladowania ze strony reżimu dotknęły także zielonoświątkowców. Byli oni pozbawiani wolności i wysyłani do obozów koncentracyjnych. Wymiar kary obejmował od 20 do 25 lat więzienia. Wielu zielonoświątkowców zginęło w obozach koncentracyjnych i więzieniach, w tym sam Iwan Woronajew.
Po II wojnie światowej prześladowania protestantów nie ustały. Baptyści, zielonoświątkowcy i adwentyści byli przymusowo umieszczani w szpitalach psychiatrycznych, toczono przeciw nim liczne procesy sądowe i pozbawiano wolności za przekonania religijne i odmowę służby wojskowej. Rodziców wyznania ewangelicznego pozbawiano także praw do sprawowania opieki rodzicielskiej i odbierano im dzieci.