Z dniem 15 stycznia 1941 roku na bazie batalionu 1/2 pp został utworzony 3 Batalion Strzelców Karpackich, jako etatowa 4 kompania strzelców została dołączona 5 kompania 1 pułku piechoty, jako kompania dowodzenia batalionu została włączona kompania gospodarcza 2 pp, kompania ckm odeszła do formowanego baonu ckm brygady. Brygada Strzelców Karpackich otrzymała nazwę Samodzielnej Brygady Strzelców Karpackich. W związku z reorganizacją batalionu zaczęto otrzymywać brytyjską broń strzelecką. 23 lutego 3 batalion powrócił do Agami pod Aleksandrią tam podjął intensywne szkolenie oraz pełnił warty w obozach jeńców, przy składach, szpitalu brytyjskim i dokach Aleksandrii. W związku z planowanym udziałem brygady w walkach w Grecji dokonano kolejnej reorganizacji batalionu – przybyła z Bardii do batalionu dawna kompania ckm, która stała się 4 kompanią strzelecką, dotychczasowa 3 kompania została rozwiązana, dotychczasowa 4, stała się 3 kompanią strzelecką, do batalionu przydzielono muły. Pobrano umundurowanie brytyjskie. 2 kwietnia rozpoczęto załadunek sprzętu na statki, lecz już 9 kwietnia odwołano wyjazd do Grecji. Batalion ponownie zajął pozycje obronne w rejonie Agami. W dniach 25–26 maja 1941 roku transportem kolejowym 3 bsk został przewieziony do fortu Mersa Matruh, który stanowił II linię frontu.