Po dokonaniu zabójstwa tego ostatniego w marcu 1881 Figner była jedyną uczestniczką przygotowań, która zdołała zbiec policyjnym poszukiwaniom. W związku z tym w 1882 była jedyną osobą z Komitetu Wykonawczego, która nie została stracona lub zesłana na Syberię. Bez powodzenia usiłowała odbudować organizację.
10 lutego 1883, na skutek donosu (za sprawą Siergieja Diegajewa), została aresztowana w Charkowie i skazana na śmierć, zamienioną na dożywotnią katorgę. Przed wydaniem wyroku spędziła 20 miesięcy w twierdzy Pietropawłowskiej, w pojedynczej celi. Kolejne 20 lat przebywała w twierdzy w Szlisselburgu. W 1904 zmieniono jej karę na przymusowe osiedlenie w guberni archangielskiej, następnie w Kazaniu i Niżnym Nowogrodzie. W 1906 pozwolono jej na wyjazd za granicę, gdzie zaangażowała się w kampanię na rzecz więźniów politycznych w Rosji. W latach 1907–1909 była związana z emigracyjnymi kręgami eserowców, jednak opuściła tę partię po skandalu związanym z podwójną rolą Jewno Azefa. Wróciła do Rosji w 1915.
Po rewolucji październikowej Figner została wybrana w demokratycznych wyborach do Konstytuanty z listy eserowców. Po rozpędzeniu parlamentu przez bolszewików w styczniu 1918 nie angażowała się już politycznie. Opublikowała wtedy swoje wspomnienia i szereg artykułów poświęconych narodnictwu.