Za prezydentury Borysa Jelcyna awansowany do rangi zastępcy dowódcy Wojsk Powietrznodesantowych Federacji Rosyjskiej. W czerwcu 1992 roku z polecenia rządu rosyjskiego, na czele 14 Armii, interweniował podczas wojny domowej w Mołdawii. Grożąc rządom Mołdawii i Rumunii marszem swoich wojsk na Kiszyniów oraz Bukareszt doprowadził do zawieszenia broni i ustanowił istniejący do dziś stan w Mołdawskiej Republice Naddniestrzańskiej.
Od 1995 roku uczestniczył aktywnie w życiu politycznym Rosji. Stanął na czele ruchu „Honor i Ojczyzna”. W 1996 roku był kandydatem na prezydenta Federacji Rosyjskiej. Podczas I wojny czeczeńskiej mianowany sekretarzem Rady Bezpieczeństwa Rosji. Reprezentował rząd rosyjski w negocjacjach z powstańcami. Doprowadził do wygaszenia konfliktu w Czeczenii i wraz z Asłanem Maschadowem podpisał rozejm w Chasawjurcie. Opuścił stanowisko sekretarza Rady Bezpieczeństwa Rosji po konflikcie z ministrem Anatolijem Kulikowem.
W 1998 roku dzięki pomocy finansowej Borysa Bieriezowskiego zorganizował kampanię wyborczą i wygrał wybory na gubernatora Kraju Krasnojarskiego. Jako gubernator był oskarżany o zbyt wystawny tryb życia.