Pierwszy komercyjny lot z międzynarodowego lotniska został zainaugurowany przez Cubana de Aviación na trasie Hawana-Miami. W 1950 rozpoczęto loty do Europy.
W 1961 stosunki z USA uległy znacznemu pogorszeniu i po wprowadzeniu amerykańskiego embarga na Kubę, linie lotnicze ze Stanów Zjednoczonych nie były dopuszczone do regularnych lotów z tego lotniska. W 1990 specjalne loty czarterowe zostały zatwierdzone przez rząd USA do i z Miami, dla kubańskich obywateli mieszkających w Stanach Zjednoczonych. Dzisiaj różne linie lotnicze działają non-stop na trasie Hawana-Miami, w tym American Eagle Airlines, Gulfstream International Airlines i wiele innych.
Ze względu na bliskie stosunki Kuby z ZSRR, port lotniczy w latach 70. i 80. XX wieku obsługiwał wiele linii lotniczych z Bloku Wschodniego, np.: Aerofłot, Czech Airlines, Interflug, LOT.
Terminal 2 otwarto 15 listopada 1988 z myślą przede wszystkim o bezpośrednich lotach do Stanów Zjednoczonych i lotów czarterowych. Dziesięć lat później, 27 kwietnia 1998, otwarto nowy międzynarodowy terminal 3José Martí International Airport website. Otwarcia dokonali premier Kanady Jean Chrétien i kubański prezydent Fidel Castro. Nowy terminal z trzema salonikami VIP oferuje wiele nowoczesnych udogodnień.