W 1940 dosłużył się stopnia podpułkownika, a w sierpniu 1941 awansował o dwa stopnie i został generałem brygadierem i niecały rok później generałem majorem (stopień tymczasowy).
II wojna światowa Od roku 1940 Clark służył w Forcie Lewis, w stanie Waszyngton. W sierpniu 1941 na wniosek George’a Marshalla został mianowany asystentem szefa sztabu ds. operacyjnych głównej kwatery US Army, w styczniu 1942 – zastępcą szefa sztabu, a w październiku – szefem sztabu Wojsk Lądowych oraz zastępcą dowódcy sił alianckich w Afryce Północnej. Na tym stanowisku zajął się planowaniem operacji desantowej, znanej jako operacja Torch. W ramach swych obowiązków na kilka tygodni przed lądowaniem udał się z tajną misją na pokładzie brytyjskiego okrętu podwodnego HMS „Seraph” (P219) do Szarszalu (Cherchell) w Algierii, by negocjować z Francuzami z rządu Vichy.
Po rozmowach w Szarszalu, które zaowocowały brakiem oporu ze strony Francuzów podczas inwazji, generał-major Clark uzyskał promocję na stopień generała porucznika (tymczasowo) i krótko przed lądowaniem we Włoszech we wrześniu 1943 roku objął dowodzenie 5 Armią.