Aresztowany i więziony, pozostawał później przez długi czas pod nadzorem policyjnym.
Kariera naukowa Stopień magistra nauk przyrodniczych uzyskał w Szkole Głównej w Warszawie. Zamieszkał, wraz z żoną Walerią z Oszczepalskich, w Warszawie, gdzie w latach 1869–1905 pracował, jako nauczyciel przedmiotów przyrodniczych w różnego typu szkołach państwowych, jak i prywatnych.
Przez blisko 40 lat uczył bez przerwy w szkołach warszawskich. W 1905 przeszedł na emeryturę i osiadł w Samurkach pod Lublinem. Po kilku miesiącach – dzięki zelżeniu ucisku rusyfikacyjnego, wskutek wybuchu rewolucji 1905, mógł zorganizować pierwsze polskie prywatne Gimnazjum Męskie im. Stanisława Staszica (w wynajętym budynku) przy ul. Królewskiej 15, którego został pierwszym dyrektorem. Władze rosyjskie jednak odmówiły szkole prywatnej wszelkich praw państwowych i kończąc szkołę polską młodzież pozostawała bez przyszłości. O otwarcie jej występowała spółka cywilna. Eugeniusz Eibisch w Prywatnym Filologicznym Zakładzie Naukowym im. Staszica w Lublinie pod kierunkiem Gracjana Chmielewskiego. Z grupą kolegów założył w szkole tajną organizację o charakterze politycznym. Jako dyrektor prowadził szkołę im. Staszica do 7 maja 1919, tj. do chwili przekazania jej władzom państwowym.