Równocześnie władze sowieckie powierzyły mu zorganizowanie katedry językoznawstwa estońskiego i ugrofińskiego w Tartu (w przyszłości dowiedzie swoich umiejętności organizacyjnych także poprzez zorganizowanie kilku konferencji oraz czasopisma Sovetskoe finnougrovedenie, które następnie zmieni nazwę na Linguistica Uralica). Ale już w 1945 r. Ariste został na rok aresztowany za działalność w organizacji studenckiej w czasie istnienia niepodległej Estonii. Od zwolnienia z więzienia do śmierci starał się być Ariste, przynajmniej zewnętrznie, lojalnym obywatelem radzieckim.
Kręgi zainteresowań i publikacje Chronologicznie pierwszym kręgiem zainteresowań i badań naukowych Ariste był język szwedzki na niektórych wyspach i w zachodnich regionach Estonii oraz jego oddziaływanie na język estoński. Pobyty za granicą, zwłaszcza w Hamburgu i w Berlinie dały mu przygotowanie w zakresie fonetyki eksperymentalnej, której następnie poświęcił szereg lat pracy – był to drugi krąg jego zainteresowań. Trzecim kręgiem były problemy fonetyki i ortoepii estońskiej. Dalsze zakresy badawcze to przede wszystkim: (a) wpływy obce [gł. niemieckie, rosyjskie i łotewskie] na język estoński; (b) język i folklor Wotów;