Tupandactylus imperator różni się od T. navigans przede obecnością kolca potylicznego i kształtem grzebienia – u T. navigans górna „rama” grzebienia jest skierowana pionowo (prostopadle do długiej osi czaszki), podczas gdy u T. imperator – zakrzywiona ku tyłowi. Różnice między nimi nie wynikają z różnic ontogenetycznych, ale niewykluczone, że są wynikiem dymorfizmu płciowego. Ponadto nie ma pewności, czy brak kolca potylicznego u T. navigans nie wynika z niekompletności szczątków przypisywanych do tego gatunku. W 2022 roku znaleziono okaz tupandaktyla, w którym stwierdzono obecność śladów tkanek, wskazujących na upierzenie.
Klasyfikacja thumb|left|Tapeżara (A) i tupandaktyl (B, C) Począwszy od 2006 roku, kilku badaczy, w tym Kellner i Campos, którzy nazwali tupandaktyla, doszło do wniosku, że trzy gatunki zaliczane wówczas do rodzaju Tapejara (T. wellnhoferi, T. imperator, T. navigans) różnią się anatomią i stopniem pokrewieństwa z innymi pterozaurami i powinny zostać zaklasyfikowane do osobnych rodzajów. Kontrowersje budził jednak sposób podziału. Kellner i Campos uznali, że jedynie Tapejara imperator zasługuje na nową nazwę rodzajową i przemianowali ją na Tupandactylus imperator.