Po likwidacji korpusu był prezesem Samopomocy i członkiem Samoobrony Polaków Wojskowych w Mińsku.
8 grudnia 1918 w Warszawie wystąpił do Departamentu Sanitarnego Ministerstwa Spraw Wojskowych z prośbą o „przyjęcie do armii polskiej w charakterze lekarza bez żadnych zastrzeżeń”. 13 grudnia 1918 został przydzielony na stanowisko szefa sanitarnego Dywizji Litewsko-Białoruskiej. 30 grudnia 1918 został przyjęty do Wojska Polskiego z dniem 13 grudnia 1918 i zatwierdzony w stopniu „lekarza generała majora”Dz. Rozk. Wojsk. Nr 15 z 11 lutego 1919, poz. 523..
15 kwietnia 1919 został inspektorem sanitarnym frontu wschodniego przy Generalnym Kwatermistrzostwie. Zmarł 11 marca 1920 roku w Warszawie na grypęRaport tygodniowy za czas od 7-go do 13-go marca 1920 roku Szefostwa Sanitarnego Naczelnego Dowództwa, Instytut Józefa Piłsudskiego w Ameryce, sygn. 701/2/8, s. 287-289.. Pochowany na Cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 210, rząd 2, miejsce 22).
1 maja 1920 został pośmiertnie zatwierdzony z dniem 1 kwietnia 1920 w stopniu generała podporucznika, w Korpusie Lekarskim, w grupie oficerów byłych Korpusów Wschodnich i byłej armii rosyjskiej.
4 maja 1921 generał podporucznik Wojciech Rogalski wystąpił z wnioskiem o odznaczenie śp. generała Aleksandra Bernatowicza Orderem Virtuti Militari.