Zasada działania i wyniki uzyskiwane w pomiarach metodą FCS FCS jest techniką spektroskopową pozwalającą obserwować ruchliwość molekuł w roztworze. Z obserwacji tych można wysnuwać wnioski na temat wzajemnego oddziaływania cząsteczek w roztworze. W technice tej śledzi się przypadkowe ruchy znakowanych fluorescencyjnie biomolekuł w ściśle zdefiniowanej objętości, oświetlanej przez wiązkę lasera. Te fluktuacje fluoryzujących cząsteczek dostarczają informacji o współczynnikach dyfuzji lub czasach dyfuzji cząsteczek i pośrednio o ich rozmiarach.
Wzrost rozmiarów znakowanych fluorescencyjnie biomolekuł, będący konsekwencją, np. ich oddziaływania z innymi molekułami, jest szybko rejestrowany jako wzrost czasu dyfuzji tych pierwszych. FCS umożliwia badanie termodynamicznych i kinetycznych parametrów opisujących oddziaływania pomiędzy cząsteczkami.