Sheffield Wednesday Gra Bougherry przyciągnęła uwagę wielu angielskich klubów włącznie z ekipami z Premier League. Bougherra jednak w maju 2006 podpisał kontrakt z drużyną z Championship – Sheffield Wednesday. Menedżer Paul Sturrock wyłożył za niego 300,000 £. Bougherra miał duży wpływ na debiutanckie zwycięstwo przy Hillsborough 5 sierpnia 2006 z Preston North End. Zdobył nagrodę Gracza Miesiąca w Lidze po zaledwie 2 miesiącach w klubie. W meczu z ligowym na własnym stadionie w październiku 2006 z Queens Park Rangers po raz pierwszy założył opaskę kapitana. Zdobył też w pierwszej części sezonu 2 bramki dla ekipy „Sów”. Ostatecznie w sezonie 2006/2007 ekipa z Sheffield zajęła w Championship 9. miejsce.
Charlton Athletic Podczas okienka transferowego w styczniu 2007 Bougherra miał oferty z kilku klubów Premier League. Sheffield Wednesday odrzuciło ofertę 1,3 mln £ z Charlton AthleticAddicks bid for Bougherra snubbed.. Istniały również pogłoski o zainteresowaniu Reading F.C.Friday’s (12.01.2007)football gossip., EvertonuMonday’s(15.01.2007) football gossip. i Birmingham City Ostatecznie „Sowy” zaakceptowały zwiększenie oferowanej za Bougherrę sumy z Charltonu do 2,5 mln £, który sfinalizował przejście na The Valley 28 stycznia 2007Charlton complete Bougherra swoop.. Na koniec sezonu drużyna z Londynu zajęła w II lidze 11.