Okres chiński Pokonani książęta chałchascy zwrócili się o pomoc do Chin. W 1691 roku w Dolon-nur książęta chałchascy zawarli traktat z cesarzem chińskim, przyjmując jego zwierzchność w zamian za pomoc. Armia chińska zadała klęskę Dżungarom, zmuszając ich do wycofania się z zajętych 3 lata wcześniej ziem. Terytoria chałchaskie weszły w skład imperium chińskiego jako autonomiczna Mongolia Zewnętrzna. W XVIII wieku w celu zabezpieczenia granic spod władzy ambanów wyłączono Tuwę i okręg kobdoski, oddając je pod zarząd wojskowy.
Mongolia Zewnętrzna do XX wieku cieszyła się faktyczną niezależnością, stanowiąc znajdującą się pod chińskim protektoratem federację państewek plemiennych. Mandżurowie pozostawili dawny system polityczny i administracyjny, zaś lokalni książęta otrzymali tytuły urzędników cesarskich. Zwierzchnią władzę formalnie sprawował rezydujący w Urdze gubernator zwany ambanem, jednak faktycznie decyzje dotyczące regionu podejmował odbywający się co 4 lata zjazd mongolskich książąt. Obowiązywał też zakaz osiedlania się w Mongolii Zewnętrznej Chińczyków.