Jego oddziały uczestniczyły w tym okresie w ekspedycjach karnych do miejscowości ogarniętych powstaniami bolszewickimi.
Walki w Kazachstanie Na pocz. grudnia 1918 r. brały udział w opanowaniu południowo-wschodniej części Kazachstanu. Wkrótce ataman został mianowany dowódcą Samodzielnej Armii Siemirieczeńskiej, której główną siłą stała się jego dywizja. Jej zadaniem była oswobodzenie od bolszewików obszarów lepsinskiego i kopalskiego okręgów. W zajętych wsiach ogłaszał rozkazy mówiące o sprawiedliwym traktowaniu wszystkich miejscowych ludzi. Wielu branych do niewoli bolszewików brał do służby w swoich oddziałach, co prowadziło do licznych dezercji w wojskach bolszewickich. Latem 1919 r. Biali na całym Froncie Wschodnim zostali zmuszeni do odwrotu, co odbiło się na położeniu Samodzielnej Armii Siemirieczeńskiej. Pod koniec 1919 r. jej sytuacja zaczęła się drastycznie pogarszać. 10 grudnia bolszewicy zdobyli główny punkt białych miasto Semipałatyńsk. Ataman B. W. Annienkow próbował organizować obronę, ale bezskutecznie. 29 lutego 1920 r. dowództwo bolszewickie przekazało mu ultamitum, aby jego oddziały zdały broń i poddały się, ale zostało ono odrzucone. Do końca kwietnia tego roku wojska bolszewickie odzyskały całość Siedmiorzecza.