Wrócił do Krakowa, aby kończyć studia, najpierw na Akademii Handlowej (ukończonej w 1947), a następnie na Wydziale Historii Sztuki Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie w 1950 uzyskał magisterium. Był jednym z założycieli „Klubu Logofagów” – wzoru późniejszych Klubów Inteligencji Katolickiej. Jesienią 1950 objął asystenturę na UJ, przerwaną aresztowaniem przez Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego 22 października 1950. Po długich przesłuchiwaniach został skazany w 1952 na 10 lat więzienia za rzekomą pomoc szpiegom i za przedłużenie działalności akowskiej. Właściwie nie wiadomo czy w ogóle był w AK. W ciężkich warunkach odsiedział pięć lat i cztery miesiące początkowo w piwnicach Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego na Koszykowej, później na Mokotowie, a wreszcie w Rawiczu i Wronkach. W tych ostatnich więzieniach pomagał współwięźniom, szczególnie w dziedzinie duchowej oraz w pomocy w przedterminowych zwolnieniach. 6 marca 1956 został zwolniony, a następnie zrehabilitowany. Powrócił do Krakowa, aby zająć się przerwaną pracą doktorską. Był jednym z reaktywatorów Tygodnika Powszechnego, działał społecznie. Był też doradcą na Wawelu oraz kustoszem Muzeum Zamkowego w Łańcucie.