Uciekała z matką i wycofującymi się oddziałami Wojska Polskiego, jednak nie do Lwowa, a do Warszawy. Potem brała udział w Powstaniu Warszawskim, chociaż była o pięć lat młodsza od Ciechanowieckiego.. W tym czasie trwało oblężenie pobliskiego Mołodowa i Ciechanowieccy uciekali z taborami generała Kleeberga. W tych okolicznościach czternastoletni Ciechanowiecki był pomocny dla oficerów jako „ochotnik”; (po wojnie otrzymał medal za ten uczynek). Rodzina miała dalej jechać do Lwowa, skąd w grudniu podjęli nieudaną próbę przedostania się przez zieloną granicę na teren RumuniiStefania Kossowska „Rozmowa z Dr. Andrzejem Ciechanowieckim” Kultura 1993, 555/12 s. 78–90..
Po srogiej zimie we Lwowie rodzina rozpoczęła w marcu 1940 r. podróż powrotną do Warszawy. Trwała ona niemal dwa miesiące, gdyż dotarli do domu dopiero w maju. Ciechanowiecki wrócił do swego starego gimnazjum, ucząc się na tajnych kompletach. W 1942 zdał „podziemną” maturę z przyszłymi koryfeuszami nauki polskiej, potem profesorami, Jerzym Krohem, Adamem Miłobędzkim, Jerzym Pelcem i Klemensem Szaniawskim. Jednocześnie był zaangażowany jako słuchacz na wykładach AK oraz w Międzynarodowym Porozumieniu WięziennymJerzy Pelc. (2016) http://www.batory.edu.pl/uploads/Stowarzyszenie%20Wychowanków/Glos_Batorakow_2016.pdf s.25-27 [dostęp 2018-11-30]..