28 sierpnia 1938 roku wydano dekret ustanawiający rektorem stacji duszpasterskiej Przemienienia Pańskiego ks. Wilhelma Ochmana. Dokument ten wskazywał także, iż kościół wraz z inwentarzem ma przejść po zarząd parafii śś. ap. Piotra i Pawła i będzie jej ekspozyturą. 15 marca 1940 roku została utworzona kuracja, którą wydzielono z parafii Mariackiej i parafii śś. ap. Piotra i Pawła. Pierwszym kuratusem, a następnie proboszczem został mianowany ks dr. Henryk Proksch.
Po dotkliwym uszkodzeniu kościoła przez bombę lotniczą w styczniu 1945 roku zaczęto sprawować nabożeństwa w gmachu Filharmonii Śląskiej. Świątynia natomiast z biegiem czasu niszczała i dopiero w 1960 roku jej remont przeprowadził ks. Zygmunt Bauer, wykorzystując do celów liturgicznych i prowadzenia katechezy barak znajdujący się nieopodal kościoła. W latach 1975–1978 kościół parafialny został przebudowany według projektu Tadeusza Łobosa, a po jego śmierci prace te kontynuował Jan Głuch. Przebudowaną świątynię poświęcił biskup katowicki Herbert Bednorz 3 września 1978 roku.
W 1984 roku dotychczasowy cmentarz parafii śś. ap. Piotra i Pawła przy ulicy Gliwickiej został przekazany parafii Przemienienia Pańskiego.