Stan zachowania Knyszyński jest najlepiej zachowanym cmentarzem żydowskim Białostocczyzny. Nigdy nie został zdewastowany, nie było na nim brutalnych aktów wandalizmu. Nie ominęły go jednak powojenne kradzieże macew z cenniejszych materiałów: granitu, marmuru czy piaskowca. Na cmentarzu są puste betonowe przypory, które znajdowały się przy najbardziej okazałych tablicach oraz kilka skupisk cegieł, być może po ohelach.
Według inwentaryzacji z lat 90. XX w. na cmentarzu było 620 macew i 66 przypór, na nowym: 12 macew i 16 przypór. Najstarszy ze zidentyfikowanych grobów pochodzi z 1806Józef Maroszek, Iwona Plichta-Wiśniewska, Tomasz Wiśniewski, Dokumentacja ewidencyjna cmentarza żydowskiego w Knyszynie, Białystok 1990.. Podczas prac porządkowych w 2014 odkryto jeszcze kilkadziesiąt zapadniętych w ziemię macew, w tym dotychczas najstarszą z 1794.
Nagrobki Nagrobki zwrócone są tradycyjnie na wschód. Zdecydowana większość to proste macewy aszkenazyjskie z popularnego zlepieńca.