Zostały one zlikwidowane po aneksji Estonii przez Związek Radziecki.
Żydowską ludność Estonii dotknęły, podobnie jak przedstawicieli narodowości tytularnej, represje stalinowskie. 439 estońskich Żydów zostało 14 czerwca 1941 wysiedlonych (wraz z Estończykami i przedstawicielami innych narodowości) w oddalone regiony Związku Radzieckiego. Liczba wysiedlonych stanowiła 10% całej ówczesnej żydowskiej wspólnoty Estonii.
22 sierpnia 1941 niemieckie wojska rozpoczęły okupację Estonii i zajęły ją w całości na początku września. Do tego czasu około 2-3 tys. estońskich Żydów (około ⅔ żydowskiej ludności Estonii) zdołało ewakuować się w głąb ZSRR. Do końca 1942 praktycznie wszyscy pozostający na okupowanym terytorium miejscowi Żydzi zostali zgładzeni. W ten sposób Estonia stała się pierwszym państwem w Europie, w którym w pełni zrealizowano „ostateczne rozwiązanie kwestii żydowskiej”, a sama Estonia została ogłoszona jako teren Judenfrei.
Według różnych danych niemieccy okupanci ogółem zamordowali od 921 do 963 estońskich Żydów. Wojnę na terytorium Estonii przeżyło nie więcej niż 12 osób żydowskiego pochodzenia.