Dzięki rekomendacji nauczyciela Hirszfeld został następnie asystentem Mathieu Orfili i uczestniczył w przeprowadzanych przez Orfilę autopsjach.
W 1848 otrzymał tytuł doktora medycyny. Został członkiem Biologicznego Towarzystwa Polskich Lekarzy we Francji i w 1857 został asystentem profesorem w klinice Léona Rostana. W 1857 dr Cycuryn zaprosił Hirszfelda do Warszawy, by ten objął katedrę anatomii. 15 września 1859 miał wykład inauguracyjny na warszawskiej Akademii Medyko-Chirurgicznej. W latach 1865–1876 był członkiem honorowym Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół NaukBolesław Erzepki: Spis członków Towarzystwa Przyjaciół Nauk w Poznaniu. Poznań, 1896, s. 2.. Nauczał chirurgii prawie do końca życia, rezygnując z katedry 27 marca 1875.
Został pochowany na cmentarzu żydowskim przy ulicy Okopowej w Warszawie (kwatera 20, rząd 9)Grób Ludwika Hirszfelda w bazie danych Cmentarza Żydowskiego przy ul. Okopowej w Warszawie..