Pracował w sztabach wyborczych Valdasa Adamkusa w trakcie kampanii prezydenckich. W 2000 został wybrany do Sejmu jako kandydat Litewskiego Związku Liberałów, do którego należał od 1997. Od 2000 do 2001 przewodniczył sejmowej Komisji Prawa i Ustawodawstwa, a w latach 2001–2004 pełnił funkcję jej wiceprzewodniczącego. W latach 2002–2003 był także radnym Wilna. W 2004 ponownie uzyskał mandat posła jako kandydat Związku Liberałów i Centrum, do ugrupowania tego wstąpił w 2003. W latach 2004–2006 był wiceprzewodniczącym Komisji Prawa i Ustawodawstwa.
18 lipca 2006 został powołany na stanowisko ministra spraw wewnętrznych w rządzie Gediminasa Kirkilasa. 12 listopada 2007 podał się do dymisji w związku z wypadkiem samochodowym spowodowanym przez funkcjonariusza policji. 16 listopada tego samego roku prezydent Valdas Adamkus przyjął dymisję. Raimondas Šukys pełnił obowiązki ministra do 10 grudnia 2007.
W wyborach parlamentarnych w 2008 ponownie został deputowanym (z listy partyjnej LiCS). 18 listopada 2008 objął stanowisko wiceprzewodniczącego Sejmu. 10 marca 2010 został ministrem zdrowia w rządzie Andriusa Kubiliusa. W 2012 jego partia nie przekroczyła wyborczego progu i nie uzyskała poselskiej reprezentacji.