Do lata 1988 rozegrał dla Nantes 140 meczów, w których zdobył jednego gola.
Po siedmiu sezonach spędzonych w Nantes Der Zakarian odszedł do innego pierwszoligowca, Montpellier HSC. Tam podobnie jak w Nantes stał się podstawowym zawodnikiem. W 1991 roku zdobył z tym klubem, prowadzonym wówczas przez Henryka Kasperczaka, Puchar Francji. Z kolei w 1992 roku zespół pod wodzą polskiego trenera wywalczył Puchar Ligi Francuskiej. W 1994 roku Michel wraz z Montpellier wystąpił zarówno w finale francuskiego pucharu, jak i pucharu ligi, ale oba te mecze przegrał – odpowiednio 0:3 z AJ Auxerre i 2:3 z RC Lens. W sezonie 1996/1997 Der Zakarian stracił miejsce w składzie i po rozegraniu 3 spotkań w Ligue 1 postanowił zakończyć piłkarską karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1981/82 FC Nantes Ligue 1 15 0 1982/83 FC Nantes Ligue 1 1 0 1983/84 FC Nantes Ligue 1 3 0 1984/85 FC Nantes Ligue 1 33 0 1985/86 FC Nantes Ligue 1 36 0 1986/87 FC Nantes Ligue 1 31 0 1987/88 FC Nantes Ligue 1 21 1 1988/89 Montpellier HSC Ligue 1 32 0 1989/90 Montpellier HSC Ligue 1 24 0 1990/91 Montpellier HSC Ligue 1 20 0 1991/92 Montpellier HSC Ligue 1 32 2 1992/93 Montpellier HSC Ligue 1 32 2 1993/94 Montpellier HSC Ligue 1 31 3 1994/95 Montpellier HSC Ligue 1 33 3 1995/96 Montpellier HSC Ligue 1 26 5 1996/97 Montpellier HSC Ligue 1 3 0