Począwszy od czasów rządu Leszka Millera do 2006 zajmował stanowisko dyrektora Departamentu Integracji Europejskiej i Współpracy Międzynarodowej w Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji.
Zasiadał w zarządzie Europejskiego Centrum Monitorowania Rasizmu i Ksenofobii.
W 2004 otrzymał Srebrny Krzyż Zasługi..
Był wykładowcą m.in. Wyższej Szkoły Zarządzania w Szczecinie i Wyższej Szkoły Informatyki i Umiejętności w Łodzi. Do października 2011 pełnił funkcję rektora Wyższej Szkoły Zarządzania i Prawa im. Heleny Chodkowskiej w Warszawie. Zrezygnował z tej funkcji po tym, gdy Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego zwróciło się do uczelni o wyjaśnienia w związku z tym, że Mochnaczewski w przeszłości został skazany prawomocnym wyrokiem sądu i nie poinformował o tym uczelni. Nie podano do wiadomości publicznej, w jakiej sprawie zapadł skazujący wyrok sądowy. W 2014 (po zatarciu skazania) Mochnaczewski został wybrany na rektora .