W czasie najazdu Mongołów pod dowództwem Batu-chana, po zdobyciu przez najeźdźców murów miejskich, cerkiew stała się miejscem ostatniej obrony. Została zdobyta i doszczętnie zburzona po ataku z użyciem taranów. We wnętrzu zginęło kilkaset osób, których pamięci poświęcony jest ustawiony obok miejsca po cerkwi krzyż. Obiekt znajdował się przez cztery kolejne stulecia w stanie niezabezpieczonej ruiny.
W 1635 r. metropolita Piotr Mohyła podjął odbudowę świątyni w stylu barokowym, wykorzystując zachowane fundamenty. Prace ukończono w 1654 r.Piotr Krasny, Odbudowa kijowskiej cerkwi Spasa na Berestowie przez metropolitę Piotra Mohyłę a problem nawrotu do gotyku w architekturze sakralnej Rusi koronnej w XVII wieku, [w:] Biuletyn Historii Sztuki nr 62 z 2000 roku, nr 3-4, s.337-361.
Druga Cerkiew Dziesięcinna mały|Druga Cerkiew Dziesięcinna W latach 1828–1842 na tym samym miejscu zbudowana została z inicjatywy metropolity kijowskiego Eugeniusza nowa cerkiew pod wezwaniem Zaśnięcia Bogurodzicy według projektu Wasilija Stasowa. Istniała do 1935, kiedy została zburzona przez władze stalinowskie. Po rozbiórce na miejscu przeprowadzono wykopaliska archeologiczne, które pozwoliły odnaleźć wiele elementów pierwszej cerkwi. Trafiły one do Muzeum Historii Ukrainy.