Zebranie Założycielskie PTPW odbyło się w dniach 21-22 czerwca 2008 w Lublinie. Na zaproszenie prof. zw. dr hab. Henryka Misztala (KUL) i prof. zw. dr. hab. Michała Pietrzaka (UW), wieloletnich kierowników dwóch pierwszych Katedr Prawa Wyznaniowego w Polsce (na Uniwersytecie Warszawskim i na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim) 20 osób zajmujących się naukowo prawem wyznaniowym podjęło uchwałę o utworzeniu Towarzystwa, przyjęło jego Statut i dokonało wyboru władz PTPW. Sądowa rejestracja Towarzystwa nastąpiła 19 sierpnia 2008 r. We wrześniu 2016 Towarzystwo liczyło 101 członków reprezentujących niemal wszystkie ośrodki akademickie w Polsce prowadzące dydaktykę i badania naukowe w zakresie prawa wyznaniowego.
Władze PTPW w kadencji 2016-2020 prezes: prof. ndzw. dr hab. Paweł Sobczyk wiceprezesi: prof. zw. dr hab. Artur Mezglewski, prof. ndzw. dr hab. Piotr Stanisz, prof. ndzw. dr hab. Dariusz Walencik sekretarz: dr Marta Ordon skarbnik: dr Justyna Krzywkowska członkowie: dr hab. Wojciech Brzozowski, dr Maciej Mikuła, dr hab. Anna Tunia, ks. prof. dr hab. Krzysztof Warchałowski, prof. zw. dr hab. Tadeusz Jacek Zieliński