Po około 20 latach pobytu w pałacu uzyskał wolność i zamieszkał w Stambule, w dzielnicy Pera (dziś: Beyoğlu). Zaczął pracować jako tłumacz, nauczyciel języka tureckiego, pośrednik i informator. Miał zdolności lingwistyczne. Poza polskim i tureckim znał być może nawet 15 języków, w tym: francuski, angielski, włoski, grekę i łacinę.
Utrzymywał kontakty z wieloma europejskimi dyplomatami, misjonarzami i orientalistami. Współpracował też z przedstawicielami osmańskiej elity intelektualnej. Dokonywał przekładów na turecki ważnych dzieł piśmiennictwa europejskiego, w tym Biblii.
Wojciech Bobowski zmarł prawdopodobnie w Stambule, około 1675 r.
Dzieła Bobowski przetłumaczył na język turecki Katechizm anglikański, Biblię oraz Janua linguarum reserata Jana Amosa Komeńskiego.
Jest autorem gramatyk i słowników języka tureckiego.
Jego prace znajdują się w europejskich bibliotekach, m.in. w British Library w Londynie, Bibliothèque nationale w Paryżu, Bodleian Library w Oxfordzie, Bibliotece Uniwersytetu w Lejdzie.
Psałterz genewski – Mezmurlar Prawdopodobnie około 1665 r. Ali Ufki stworzył tureckie tłumaczenie i opracowanie muzyczne pierwszych czternastu psalmów z , znane jako Mezmurlar lub Mezmuriyye.