Marcinkowski był ważną postacią w polskich kręgach Kijowa. W latach pięćdziesiątych XIX w. zaczął się interesować folklorystyką. Zbierał ludowe wierzenia, zwyczaje i przekazy kulturowe. Zainteresowania te wkrótce zaowocowały publikacjami opisującymi lud ukraiński. Podróż na Krym i do Odessy (1850) opisał w pracy Stepy, morze i góry (2 tomy, 1854). Był autorem licznych szkiców dotyczących historii I Rzeczypospolitej, powieści społeczno-obyczajowych i historycznych, inspirowanych folklorem. Pisał hasła do 28-tomowej Encyklopedii Powszechnej Orgelbranda z lat 1859-1868.
Filozofia W początkach kariery, utożsamiał się ze stanowiskiem heglistowskim, publikując artykuły broniące filozofii niemieckiej (w szczególności Hegla i Schellinga) i jej polskich zwolenników (Bronisława Trentowskiego). Filozofia ta stała się przedmiotem krytyki koterii Petersburskiej, zarzucającej im niezgodność z chrześcijaństwem. Marcinkowski wskazywał z kolei, że filozofia niemiecka jest intelektualnym badaniem idei chrystianizmu (w jej protestanckiej postaci). Dla Marcinkowskiego filozofia niemiecka była najwyższym wytworem ludzkiego umysłu, przejawem "ducha powszechnego" i "ducha czasu".