Tymczasem przeciwko nim wystąpiły wojska bolszewickie, w liczbie ok. 175 tys. ludzi, wezwane na pomoc przez mongolskich komunistów z Mongolskiej Partii Ludowej. Generał Ungern uprzedził ofensywę, pierwszy atakując zajęte przez bolszewików obszary Przymorza. Główne uderzenie kawalerii pod jego komendą skierowane było na Kiachtę (Troickosawsk). Jednakże po początkowych sukcesach przewaga bolszewików zmusiła siły Ungerna do odwrotu do Mongolii. Pomimo tego nad jeziorem Gęsim zdołały zniszczyć nieprzyjacielski batalion. W wyniku ciężkich walk poniosły jednak duże straty i częściowo zostały rozbite, zaś dowódca odniósł poważną ranę. Pod koniec lipca wojska bolszewickie zdobyły Urgę. Plany gen. Ungerna runęły, gdyż nie poparła go miejscowa ludność, a także nie otrzymał obiecywanej pomocy od Japończyków. W tej sytuacji zamierzał przezimować w zachodniej części Mongolii, a następnie przedostać się na Krym, aby połączyć się z armią gen. Piotra Wrangla. Przeszkodził temu bunt części kadry oficerskiej, która 17 sierpnia zabiła gen. Borisa Riezuchina, zaufanego towarzysza i zastępcę gen. Ungerna, a potem ostrzelała namiot samego dowódcy. Raniony, zdołał dotrzeć do obozu byłego sojusznika księcia Sunduj-Guna, lecz ten kazał go związać i przekazał komunistom.