Konflikty z prawosławnymi Stosunki jezuitów łuckich z członkami prawosławnego bractwa łuckiego były skomplikowane, napięte, niekiedy dochodziło do bójek i spraw w sądzie. W latach 1620—1630 miały miejsce starcia między braćmi i uczniami kolegium. W zajściach w roku 1627 i 1634 brało udział od dziesięciu do dwóch setek osób. Napady jezuitów na zakonników brackich i uczniów szkoły brackiej miały miejsce w latach 1627—1628 oraz w roku 1639. W roku 1627 szlachcic Wojciech Chełpowski próbował utopić zakonnika brackiego Serapiona w rzece Styr. Żebrak Łukjan Piński, który mieszkał w klasztorze brackim, został zakatowany na śmierć przez studentów kolegium.
Przebudowa, kasacja klasztoru thumb|Katedra po prawej na ikonie z XVIII w. 14 czerwca 1724 roku wybuchł wielki pożar, który bardzo poważnie uszkodził kościół i kolegium. W ciągu następnych lat aż do 1730 roku zabudowania jezuickie poddano gruntownej renowacji przy współudziale architekta-jezuity Pawła Giżyckiego. Po restauracji świątynia nabrała nowego charakteru. Żeby zachować osłabione przez pożar ściany, obudowano je galeriami i kruchtą z chórem;