Po wybuchu powstania styczniowego Witold Rogoyski wziął w nim udział jako dowódca kompanii strzelców w tzw. batalionie galicyjskim dowodzonym przez Andrzeja Łopackiego, który wchodził w skład oddziału Dionizego Czachowskiego. W maju 1863 roku Rogoyski otrzymał awans na majora wojsk powstańczych. Po rozwiązaniu swojego ugrupowania wraz z Dionizym Czachowskim przybył do Krakowa 18 czerwca, by zorganizować nowy oddział powstańczy, jednak problemy zdrowotne uniemożliwiły mu powrót do walki. W styczniu 1864 roku Rogoyski został oficjalnie urlopowany z wojska przez władze powstańcze Galicji Zachodniej, po czym powrócił do majątku Szufnarowa.
W 1866 roku Witold Rogoyski ożenił się ze Stefanią z Rogoyskich, pochodzącą z miejscowości Kąty niedaleko Czchowa. Mieli troje dzieci: Stefana (ur. 1867), Janinę (ur. 1868) i Zdzisława (ur. 1872). Stefania Rogoyska zmarła 7 stycznia 1874 roku, zaś w rok później Rogoyski powtórnie się ożenił, ze starszą siostrą pierwszej żony, Michaliną. W tym samym roku podjął decyzję o parcelacji Szufnarowej i przeniesieniu się do Tarnowa. Zakupił tam posiadłość na przedmieściach (obecnie rejon ul. Słowackiego), którą nazwał „Witoldówką”. W Tarnowie urodziło się jedyne dziecko z drugiego małżeństwa Rogoyskich, Tadeusz (ur.