Po wojnie Brytyjczycy poprosili Dorpmüllera o kierowanie odbudową niemieckich kolei. Wraz ze swoim zastępcą, Albertem Ganzenmüllerem, udał się on w podróż lotniczą do Chesnay w Paryżu, gdzie wziął udział w negocjacjach związanych z reorganizacją niemieckiego transportu. Amerykański generał Carl Gray doradzał Dwightowi Eisenhowerowi pozostawienie Dorpmüllera na stanowisku ministra. Gray motywował swoją rekomendację wybitną wiedzą fachową Dorpmüllera oraz doniesieniami tajnych służb, które stwierdziły, że Dorpmüller nie należał nigdy do aktywistów ani sympatyków ruchu nazistowskiego. Dorpmüller powrócił do Malente 13 czerwca 1945 i stamtąd udzielał rad odnośnie do odbudowy kolei. Pracę utrudniała mu poważna choroba – cierpiał na raka. 23 czerwca 1945 Dorpmüller przeszedł operację. Okazało się, że jego układ pokarmowy jest poważnie uszkodzony i że jego życie dobiega końca. Niemniej jednak w dalszym ciągu uczestniczył w oficjalnych spotkaniach.
Dorpmüller zmarł 5 lipca 1945. Został pochowany w Malente.
Po śmierci Według pisma, który w październiku 1949 komisja denazyfikacyjna w Lubece przekazała siostrze Dorpmüllera, Marii, został on zakwalifikowany do V kategorii („Entlasteter“).