W 1919 lwowska Akademia Weterynarii obdarzyła go godnością doktora honoris causa w zakresie medycyny weterynaryjnej. 2 maja 1923 odznaczony został Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski „w uznaniu zasług, położonych dla Rzeczypospolitej Polskiej na polu pracy naukowej i społecznej”.
Łączna bibliografia prac Piotra Boczkowskiego liczy pięćdziesiąt pozycji. Są wśród nich artykuły praktyczne i przyczynki (m.in. Liszaj wyłysiający, „Przegląd Weterynarski", 1886; O chorobach zakaźnych zwierząt, "Rolnik i Hodowca", 1887; Szczepienia ochronne wykonane przy wągliku w Rosji, „Przegląd Weterynarski”, 1888; Choroby ryb, ich przyczyny i środki lecznicze, „Pamiętnik Wystawy Rybackiej”, 1910; Istota chorób zakaźnych i postępy w zwalczaniu ich u zwierząt domowych, „Księga jubileuszowa «Rolnika i Hodowcy»”, 1910), materiały dydaktyczne (Krótki kurs rybactwa, 1913; Medycyna weterynaryjna czyli medycyna zwierzęca, wykłady warszawskie z lat 1915-1916) i wystawiennicze, artykuły o powołaniu zawodu weterynarza i potrzebach edukacji weterynaryjnej. Kilka artykułów Boczkowski poświęcił ponadto swoim zmarłym kolegom, w tym zaprzyjaźnionemu od czasów studenckich rektorowi lwowskiej Akademii Weterynarii, Stanisławowi Królikowskiemu („Wiadomości Weterynaryjne”, 1924;