W tym samym czasie do "Gazety Polskiej" przesyłał korespondencje na temat współczesnych Chin.

Pierwsze lata po odejściu z wojska spędził w Dorpacie, gdzie uzupełniał wiedzę w zakresie bakteriologii, a następnie anatomii, fizjologii i patologii ryb. Z Henrykiem Kotłubajem stworzył cenną kolekcję ichtiologiczną, która w 1922 trafiła do Studium Weterynaryjnego Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1909–1912 Boczkowski prowadził zajęcia z chorób ryb na kursach dla weterynarzy, organizowanych w pracowni Weterynaryjnej Ministerstwa Spraw Wewnętrznych w Petersburgu. Uczestniczył jednocześnie w działalności towarzystw Higienicznego, Przeciwgruźliczego i Rybackiego. Swoje zbiory prezentował na higienicznych i rybackich wystawach na ziemiach polskich i na terenie cesarstwa rosyjskiego. Artykuły Boczkowskiego ukazywały się na łamach „Hodowcy”, „Rolnika i Hodowcy”, „Okólnika Rybackiego”, „Zdrowia”, „Encyklopedii Rolniczej”.

Od 1911 Piotr Boczkowski wykładał higienę zwierząt i weterynarię na Kursach Przemysłowo-Rolniczych W Warszawie oraz rybactwo na oddziale agronomicznych Szkoły Rontalera.