Od 2011 roku Davis dzieli czas pomiędzy Amerykę Północną i Francję, gdzie poślubił Emmanuelle Herpin, mieszkającą i pracującą na południu kraju. Ma dwie córki z poprzedniego małżeństwa Melindę oraz Rebeccę. Melinda jest kardiologiem pracującym na University of Michigan, z kolei Rebecca prowadzi szkołę tańca Rebecca Davis Dance Company w Filadelfii z programem dla dzieci dotkniętych traumą konfliktów zbrojnych z krajów takich jak Bośnia, czy Rwanda. Davis jest także dziadkiem dla dwojga wnuków Amelii i Kevina.
Sceptycyzm thumb|William B. Davis biorący udział w panelu dyskusyjnym „Sceptycyzm i media” podczas CSICON w Nowym Orleanie w 2011 r. Podczas prac nad Z archiwum X Davis krytykowany był przez fanów serialu za swoją niewiarę w zjawiska paranormalne oraz obecność na Ziemi istot pozaziemskich. Aktor zwrócił się do Barry’ego Beyersteina oraz Komitetu Badań Sceptycznych (ang. Committee for Skeptical Inquiry) z podaniem o przyjęcie go na członka organizacji. Davis stawał się coraz bardziej zaangażowany w działalność ruchu sceptycznego. Jako jego rzecznik zaczął prowadzić wykłady na uniwersytetach Ameryki Północnej oraz na konwentach sceptyków, m.in.