Zmarły miał być pochowany na cmentarzu rzymskokatolickim. Kondukt ochraniały oddziały policji pieszej i konnej. 7 kwietnia 1929 roku na dworcu Toruń Miasto tłum liczący około 2 tys. osób pobił delegację Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego z Grudziądza, która przybyła na uroczystość z okazji piątej rocznicy działalności parafii. Niektórzy członkowie delegacji zdołali schować się w kaplicy na Mokrem, gdzie zostali otoczeni przez tłum. Po kilku godzinach policja udzieliła pomocy delegacji, umożliwiając jej powrót do Grudziądza. W 1924 roku parafia polskokatolicka była skonfliktowana również z toruńskimi baptystami. W lipcu 1931 roku obie strony podpisały porozumienie. Od tego momentu parafia dzierżawiła kaplicę baptystyczną przy ul. Matejki.
Ks. Stanisław Zawadzki w 1925 roku przeniósł się do parafii Zmartwychwstania Pańskiego w Bydgoszczy. W 1925 roku do parafii przyszedł były rzymski zakonnik ks. Kocyłowski. Po nim parafią zarządzali księża: Adam Walichiewicz, Heliodor Rogowski, Izydor Kędzierski, Józef Janik.
II wojna światowa Podczas II wojny światowej niemieckie władze okupacyjne zakazały działalności Polskiemu Narodowemu Kościołowi Katolickiemu.