Został profesorem astronomii na Uniwersytecie Ludwika i Maksymiliana i dyrektorem Królewskiego Obserwatorium Astronomicznego Bogenhausen. W stolicy Bawarii pozostał już na zawsze. Do jego studentów należał m.in. pionier nowoczesnej astrofizyki, Karl Schwarzschild.
W 1882 Seeliger został członkiem Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina, dziesięć lat później przyjęto go do londyńskiego Królewskiego Towarzystwa Astronomicznego. W latach 1897–1921 był przewodniczącym Astronomische Gesellschaft (niemieckiego towarzystwa astronomicznego), a w latach 1919–1923 pełnił funkcję prezydenta Bawarskiej Akademii Nauk. Został odznaczony szeregiem odznaczeń państwowych: pruskim Orderem Orła Czerwonego (1896), Orderem Zasługi Korony Bawarskiej (1902), szwedzkim Orderem Gwiazdy Polarnej (1912), pruskim Pour le Mérite (1915) oraz bawarskim Orderem św. Michała. Wraz z otrzymaniem bawarskiego Orderu Zasługi został w 1902 podniesiony do stanu szlacheckiego (tytuł Ritter). Zmarł w grudniu 1924 w wieku 75 lat.