半蔵門線 Hanzōmon-sen (oznaczenie „Z”, nr planistyczny 11) – otwierana w latach 1978–2003. Nazwa wzięta od zachodniej bramy proadzącej na teren pałacu cesarskiego. Trasa długości 16,8 km jest całkowicie podziemna. Tor 1067 mm, zasilanie górne =1500V. Prędkość komunikacyjna – 33,6 km/h. Eksploatuje się pociągi dziesięciowagonowe. Połączona jest z linią Tōkyū Den’entoshi-sen na stacji Shibuya (渋谷) oraz z Tōbu Isesaki-sen na stacji Oshiage (押上). Zajezdnia położona jest na terenie miasta Kawasaki i dostępna tylko przez współpracującą linię kolei Tōkyū. Poza taborem Tokyo Metro kursuje tutaj również tabor kolei Tōkyū i Tōbu.
南北線 Namboku-sen (oznaczenie „N”, nr planistyczny 7) – otwierana w latach 1991–2000. Nazwa znaczy „linia północ-południe”. Wszystkie stacje mają pełnej wysokości ścianki bezpieczeństwa na krawędziach peronów. Trasa długości 21,3 km przebiega całkowicie w tunelu. Tor 1067 mm, zasilanie górne =1500V. Prędkość komunikacyjna – 32,8 km/h. Eksploatuje się pociągi sześciowagonowe prowadzone jednoosobowo. Zajezdnia położona jest w okolicy stacji 王子神谷 Ōjikamiya w północnej części trasy. Na odcinku południowym, między Shirokane-Takanawa (白金高輪) a Meguro (目黒) tory wykorzystywane są wspólnie z linią Toei Mita.