W listopadzie 2010 został także wybrany w skład zarządu Wolnego Portu Ryga. W czerwcu 2011 ponownie powołany na przewodniczącego Centrum Zgody. W listopadzie 2013 stanął na czele Socjaldemokratycznej Partii „Zgoda”.
4 kwietnia 2019 minister Juris Pūce wydał zarządzenie o usunięciu Nilsa Ušakovsa ze stanowiska burmistrza Rygi, zarzucając mu naruszenie szeregu aktów prawnych (w tym przepisów dotyczących rachunkowości, zarządzania finansami i budżetu). Decyzję podjęto kilka miesięcy po ujawnieniu afery korupcyjnej w stołecznym przedsiębiorstwie transportowym „Rīgas satiksme”. W wyborach w 2019 Nils Ušakovs z listy swojego ugrupowania uzyskał mandat posła do Parlamentu Europejskiego IX kadencji. W październiku tegoż roku zakończył pełnienie funkcji przewodniczącego partii. W styczniu 2023 wybrany na jednego z trzech współprzewodniczących Socjaldemokratycznej Partii „Zgoda”. W 2024 został po raz drugi wybrany w skład Europarlamentu.
Życie prywatne Trzykrotnie żonaty – najpierw z Mariją Ušakovą, następnie z dziennikarką Jeļeną Suharevą. Jego trzecią żoną została Iveta Strautiņa. W 2015 urodził się jego syn Toms.