Od września 2023 był zastępcą dyrektora Departamentu Azji i Pacyfiku MSZ. W styczniu 2024 objął stanowisko dyrektora tego departamentu, w sierpniu tego samego roku został również p.o. dyrektora Departamentu Wschodniego MSZ.
6 sierpnia 2025 został powołany na stanowisko podsekretarza stanu w MSZ, będąc odpowiedzialnym za politykę wobec państw Afryki, Bliskiego Wschodu, Europy Wschodniej i Ameryki Łacińskiej oraz współpracę rozwojową (został krajowym koordynatorem współpracy rozwojowej), nadzorując odpowiednie departamenty w MSZ.
Życie prywatne Syn Marii i Władysława. Żonaty z Izabellą Zajączkowską, ma troje dzieci.
Posługuje się językiem angielskim, rosyjskim, francuskim, ukraińskim i rumuńskim.
Wybrane publikacje Publikacje książkowe Wojciech Zajączkowski (red.), Federacja czy rozpad Rosji?, Warszawa: Ośrodek Studiów Wschodnich, 1994, OCLC 749747332. Wojciech Zajączkowski, W poszukiwaniu tożsamości społecznej. Inteligencja baszkirska, buriacka i tatarska wobec kwestii narodowej w Cesarstwie Rosyjskim i ZSRR, Lublin: Instytut Europy Środkowo-Wschodniej, 2001, . Wojciech Zajączkowski, Czy Rosja przetrwa do roku 2000, Warszawa: Oficyna Wydawnicza MOST, 1993, . Wojciech Zajączkowski, Rosja i narody. Ósmy kontynent.