Początek działalności mały|Dzień otwarty w Porcie lotniczym Lublin 1 grudnia 2012 odbył się „dzień otwarty”. Według wstępnych szacunków port odwiedziło ok. 20 tys. ludzi. Pierwszy lot odbył się 17 grudnia 2012 o godz. 7:56 i był to An-26 przedsiębiorstwa lotniczego EXIN Sp. z o.o. z Lublina. Tego dnia Ryanair uruchomił połączenie do Londynu i Dublina. Pierwszy samolot z pasażerami wylądował tego samego dnia o godzinie 9:00. Był to rejs czarterowy z gośćmi zaproszonymi przez władze PLL. 17 grudnia 2012, o godzinie 13:25, wylądował samolot Boeing 737-800. Był to lot z londyńskiego lotniska Stansted, wykonywany przez Ryanair. 18 grudnia 2012 rozpoczęły kursowanie samoloty linii WizzAir do Oslo i Londynu.
W ciągu pierwszego roku działalności port obsłużył ponad 188 tysięcy pasażerów. Nie udało się osiągnąć planowanych przez zarząd portu 300 tysięcy pasażerów. W 2013 oddano do użytku docelową wieżę kontroli lotów, w tym roku zaczął też działać system ILS I kategorii. Uruchomienie systemu ILS II kategorii nastąpiło w 2016.