Kościół, zniszczony podczas najazdu mongolskiego w 1241, wkrótce został odbudowany i przetrwał aż do najazdu husytów w 1428. Został wówczas zniszczony na tyle poważnie, że powstały w wyniku odbudowy ponad pół wieku później kościół był praktycznie całkowicie nową budowlą; ołtarz tej świątyni konsekrowany został w roku 1486 przez biskupa Jana Rotha. Sam kościół pozostawał poza obrębem murów miejskich i poza pasem wyznaczonym przez regulamin budowlany jako bezpośrednie przedpole obrony miasta (odległość kościoła od fosy wynosiła około pół kilometra), zatem także on narażony był niemal w tym samym stopniu co lekka drewniana zabudowa przedmieść na zniszczenie przez najeźdźców lub obrońców w razie zbliżania się obcych wojsk do Wrocławia. Choć przejęcie Śląska od Austrii przez Prusy w wyniku pierwszej z wojen śląskich odbyło się w 1741 bez walk w okolicach Wrocławia i kościół ani Przedmieście Mikołajskie nie zostały poszkodowane, to kolejne starcia w 1757 i 1760 spowodowały dość pokaźne zniszczenia, także na południe od miasta (na Przedmieściu Świdnickim) i na wschód od niego. Tym razem jednak kościół św.