W latach następnych powstało wiele pejzaży wiedeńskiego Prateru oraz terenów z Salzkammergut, regionu w Austrii, gdzie Waldmüller spędził wiele letnich wakacji w miejscowości Bad Ischl.
Od roku 1830 pracował jako profesor i kustosz Galerii Akademii Sztuk Pięknych w Wiedniu. W 1835 roku wszedł w skład Rady Akademii, a w roku 1836, razem z Josephem von Führich, sporządził Katalog obrazów Galerii. Wkrótce jednak popadł w konflikt z przedstawicielami Akademii, gdyż akademickiemu kopiowaniu dzieł dawnych mistrzów przeciwstawił studiowanie Natury. Chociaż sam Metternich protegował Waldmüllera, propozycje reform malarza zostały odrzucone, w 1850 roku utracił swoją pracownię, a w 1857 posadę profesora na Akademii.
Po śmierci swojej pierwszej żony (rozwód z nią otrzymał już w 1834 roku), ożenił się ponownie w 1851 roku z modystką, Anną Bayer. W jej pracowni, w roku 1854 sporządził wystawę swoich prac.