Wiek XIX W trakcie greckiego powstania, w 1822 roku, oddziały Emina, baszy Salonik, z polecenia Sułtana, dokonały eksterminacji znacznej lub większej części greckiej ludności Macedonii Egejskiej, rozmyślnie zmieniając w ten sposób proporcje demograficzne. Najczęściej podawanym przykładem tej akcji jest mord lub sprzedaż w niewolę wszystkich Greków miasta i okręgu Naussa, zasiedlanego następnie elementem słowiańskim lub o pochodzeniu muzułmańskim. Eksterminacja Greków w Macedonii uszła uwadze Europy. Działania te, choć identyczne z masakrą na Chios, poprzedziły ją, nie wywołując jeszcze reakcji zachodnioeuropejskiej opinii publicznej, poruszonej dopiero wyeksponowanym w Luwrze obrazem artysty Eugène Delacroix.
thumb|Macedonia w granicach Bułgarii według traktatu w San Stefano W czasie wojny rosyjsko-tureckiej w latach 1877–1878 Macedonia została zajęta przez wojska rosyjskie. Na mocy traktatu w San Stefano miała stać się częścią odrodzonej Bułgarii. Kongres berliński zdecydował pozostawić ziemie macedońskie Turcji, zobowiązując sułtana do przeprowadzenia tam niezbędnych reform w celu poprawy położenia ludności chrześcijańskiej;