W tej i kolejnej dekadzie organizowano też na nim metę popularnego Biegu Fiata.

W sezonie 1999/2000, po awansie do III ligi i z perspektywą awansu do II, na stadion BKS-u wprowadziła się inna bielska drużyna – dzisiejsze Podbeskidzie Bielsko-Biała. Stadiony „Na Górce” oraz w Komorowicach, gdzie do tej pory swoje mecze rozgrywało Podbeskidzie nie spełniały drugoligowych standardów.

W 2006 roku stadion BKS Stal został przejęty przez miasto i od tego czasu jego właścicielem jest Bielsko-Bialski Ośrodek Sportu i Rekreacji (BBOSiR). 22 września 2008 rozpoczęto modernizację Stadionu Miejskiego, która objęła zamontowanie podgrzewanej murawy i oświetlenia oraz wyburzenie trybun łukowych.

Początkiem 2011 roku za sprawą zwiększającego się zainteresowania meczami Podbeskidzia, na koszt klubu postawiono trybunę tymczasową. Służyła kibicom przez półtora roku, została zdemontowana w sierpniu 2012 w związku z rozpoczęciem przebudowy. Mieściła się ona za bramką od strony ulicy Rychlińskiego i zwiększała pojemność stadionu o 840 miejsc.