Taksonomia Juan Ignacio Molina jako pierwszy opisał liczne gatunki chilijskich roślin (m.in. araukarię chilijską, orczę boldo, mydłokę właściwą, Maytenus williamsii, Maytenus boaria, trzęślicę) i zwierząt (m.in. nutrię, koszatniczkę, kota pampasowego, wikunię, flaminga chilijskiego, szynszylę małą, huemala).
W różnych dziełach, gdzie cytuje się jego publikacje, nazywany jest Opatem Moliną. Autorzy używają też włoskich form jego imienia i nazwiska – Giovanni Ignazio Molina. Hipólito Ruiz López dedykował mu nazwę rodzaju Molina, później uznanego w 1902 za podrodzaj Baccharis przez Heeringa, obecnie zaś przywróconego jako Neomolina przez F.H. Hellwiga. Inni biolodzy uczcili naturalistę nazywając jego imieniem rodzaj Gramineae – Moliniopsis, jako synonim dla Molinia używanego przez Franza Paula von Schranka.